देश के पहले प्रधानमंत्री पंडित जवाहरलाल नेहरू का अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय से गहरा नाता रहा है। अपने जीवनकाल में नेहरू पांच बार अलीगढ़ आए। उन्हें एएमयू छात्र संघ की मानद सदस्यता भी दी गई थी।
एएमयू के पूर्व जनसंपर्क अधिकारी और उर्दू एकेडमी के निदेशक डॉ. राहत अबरार ने बताया कि सन 1935 में इतिहासकार प्रो. हबीब (प्रसिद्ध इतिहासकार प्रो. इरफान हबीब के पिता) के निमंत्रण पर नेहरू एएमयू आए थे।
24 जनवरी 1948 को एएमयू के दीक्षांत समारोह में आए। 1955 में मौलाना आजाद लाइब्रेरी की आधार शिला रखने के लिए एएमयू आए।
1960 में इसी लाइब्रेरी का शुभारंभ करने और 1960 में सर सैयद डे पर आए। इसी समय मेडिकल कॉलेज का शिलान्यास भी किया।
